Active Directory — это сама служба каталогов, логическая структура (база данных, политики, схема). Контроллер домена — это физический сервер, на котором эта служба запущена. Можно сказать, что Active Directory — это "закон", а контроллер домена — это "полицейский", который следит за его исполнением. В домене может быть много контроллеров, но Active Directory (как служба) одна на всех.